Τα Αυτοτελή Γραφεία Πρύτανη και Αντιπρυτάνεων είναι τα ιδιαίτερα γραφεία του Πρύτανη και των Αντιπρυτάνεων αντίστοιχα και:
Φροντίζουν για τα γενικότερα θέματα που σχετίζονται με τις δραστηριότητες του Πρύτανη και των Αντιπρυτάνεων κατά την άσκηση των καθηκόντων τους ως Κεντρικών Οργάνων του Ιδρύματος.
Διεκπεραιώνουν, αντίστοιχα, όλα τα θέματα που αφορούν προσωπικά τον Πρύτανη και τους Αντιπρυτάνεις, όπως τήρηση προσωπικού αρχείου, διεκπεραίωση προσωπικής αλληλογραφίας, διευθέτηση προσωπικών συνεντεύξεων και κάθε άλλη δραστηριότητά τους στην εκπροσώπηση του Ιδρύματος μέσα κι έξω από αυτό.