Ο αλγόριθμος NCBI BLAST είναι από τους πιο διαδεδομένους αλγορίθμους Βιοπληροφορικής ο οποίος αναπτύσσεται από το 1990 μέχρι σήμερα. Στη διπλωματική εργασία έγινε αλγοριθμική μελέτη του NCBI BLAST και ανάλυση των βασικών παραμέτρων που επηρεάζουν την απόδοση του. Στη συνέχεια υλοποιήσαμε ένα κομμάτι του αλγορίθμου σε hardware και δημιουργήσαμε ένα πλήρες σύστημα (software-hardware co-design). Χρησιμοποιώντας την πλατφόρμα Re.Do.FPGA έγινε απομακρυσμένη κλίση συνάρτησης για το λογισμικό
