Συντάχθηκε 15-11-2011 11:33
από Eleni Stamataki
Email συντάκτη: estamataki<στο>tuc.gr
Ενημερώθηκε:
-
Ιδιότητα: σύνταξη/αποχώρηση υπάλληλος.
Τμήμα Ηλεκτρονικών Μηχανικών & Μηχανικών Υπολογιστών
ΠΑΡΟΥΣΙΑΣΗ ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗΣ ΕΡΓΑΣΙΑΣ
ΡΟΥΣΟΠΟΥΛΟΣ Κ. ΧΡΗΣΤΟΣ
με θέμα
“Συ-σχεδίαση υλικού και λογισμικού της υλοποίησης NCBI-BLAST σε υβριδική πλατφόρμα υψηλής απόδοσης (HPC)”
“Software and hardware co-design of NCBI-BLAST implementation in hybrid high performance computing (HPC)platform ”
Τετάρτη 16 Νοεμβρίου, 12πμ Αίθουσα 2042, Κτίριο Επιστημών, Πολυτεχνειούπολη
Εξεταστική Επιτροπή
Καθ. Δόλλας Απόστολος (επιβλέπων)
Καθ. Πνευματικάτος Διονύσιος
Επ. Καθ. Παπαευσταθίου Ιωάννης
Περίληψη
Από την ανακάλυψη του DNA μέχρι σήμερα η στοίχιση βιολογικών ακολουθιών είναι η πιο σημαντική διαδικασία στον κλάδο της Βιοπληροφορικής. Έχουν αναπτυχθεί πολλοί αλγόριθμοι για τη συγκεκριμένη διαδικασία με πιο γνωστό τον αλγόριθμο BLAST, o οποίος διανέμεται από το NCBI(National Center for Biotechnology Information). Η εκθετική αύξηση της γενετικής ακολουθίας που παράγεται καθημερινά και η πολυπλοκότητα του αλγορίθμου BLAST τον κάνει μια ιδανική επιλογή για υλοποίηση σε ένα σύστημα υψηλής απόδοσης.
Στην παρούσα διπλωματική παρουσιάζεται ο αλγόριθμος, καθώς επίσης και ένα από τα πιο σύγχρονα συστήματα υψηλής απόδοσής. Τελος, αναπτύχθηκε ένα υβριδικό σύστημα που συνδυάζει ένα σύγχρονο επεξεργαστή με ένα συνεπεξεργαστή αναδιατασσόμενης λογικής. Επιπλέον , υλοποιήθηκε μια πρωτότυπη εφαρμογή της έκδοσης BLASTn του NCBI η οποία βασίστηκε στην ιδέα συ-σχεδίασης υλικού και λογισμικού. Tα αποτελέσματα επιβεβαιώνουν την ιδανικότητα του αλγορίθμου BLAST για τέτοιου είδους συστήματα.
Συνημμένα:
-
ΑΝΑΚΟΙΝΩΣΗ ΡΟΥΣΟΠΟΥΛΟΣ.docx
Μεταφορτώσεις: 348,
Μέγεθος: 13 KB application/vnd.openxmlformats-officedocument.wordprocessingml.document
