Συντάχθηκε 26-09-2013 10:05
από Balasi Panagiota
Email συντάκτη:
Ενημερώθηκε:
-
Ιδιότητα: -.
ΠΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ ΚΡΗΤΗΣ
Σχολή Ηλεκτρονικών Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών
Πρόγραμμα Προπτυχιακών Σπουδών
ΠΑΡΟΥΣΙΑΣΗ ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗΣ ΕΡΓΑΣΙΑΣ
ΑΝΤΡΕΑ ΚΟΥΚΚΟΥΛΛΗ
με θέμα
Μελέτη, σχεδίαση και υλοποίηση αλγορίθμου κατασκευής φυλογενετικών δέντρων σε πλατφόρμα βασισμένη σε αναδιατασσόμενη λογική
Study, design and Implementation of phylogenetic tree construction algorithm on a field programmable gate array platform
Παρασκευή 27 Σεπτεμβρίου 2013, 12.00 μ.
Αίθουσα 145 Π58, Κτίριο Επιστημών, Πολυτεχνειούπολη
Εξεταστική Επιτροπή
Καθηγητής Απόστολος Δόλλας (Επιβλέπων)
Καθηγητής Διονύσιος Πνευματικάτος
Αναπληρωτής καθηγητής Γιάννης Παπαευσταθίου
Περίληψη
Από τις αρχές της δεκαετίας του 1960 άρχισε να επικρατεί η υπόθεση ότι συγκεκριμένες περιοχές του γενετικού υλικού μπορεί να περιέχουν σημαντικές πληροφορίες για την εξέλιξη των ειδών. Σήμερα χρησιμοποιούνται αλγόριθμοι για φυλογενετικές αναλύσεις οι οποίοι είναι ιδιαίτερα ακριβοί υπολογιστικά και απαιτούν πολύ χρόνο να εκτελεστούν.
Στην παρούσα διπλωματική έχει μελετηθεί το πρόγραμμα RAxML, το οποίο χρησιμοποιείται για φυλογενετικές αναλύσεις χρησιμοποιώντας την μέθοδο της Μέγιστης Πιθανοφάνειας(Maximum Likelihood), μιας μεθόδου με μεγάλη ακρίβεια στα αποτελέσματα για αναλύσεις του συγκεκριμένου τύπου. Το μεγαλύτερο μέρος του χρόνου εκτέλεσης του προγράμματος καταναλώνεται στη συνάρτηση υπολογισμού του βαθμού Μέγιστης Πιθανοφάνειας του φυλογενετικού δέντρου που σε μερικές περιπτώσεις ξεπερνά το 90% του συνολικού χρόνου εκτέλεσης.
Με σκοπό την επιτάχυνση του προγράμματος, η εργασία αυτή παρουσιάζει την υλοποίηση της συνάρτησης υπολογισμού Μεγίστης πιθανοφάνειας σε πλατφόρμα αναδιατασσόμενης λογικής, με την βοήθεια του εργαλείου παραγωγής HDL κώδικα από κώδικα γραμμένο σε γλώσσα προγραμματισμού C, CoDeveloper Impulse C.
Το σύστημα σχεδιάστηκε για επιτάχυνση του προγράμματος RAxML για όλους τους αλγορίθμους εκτέλεσής του που χρησιμοποιούν την συνάρτηση υπολογισμού μέγιστης πιθανοφάνειας.
Από τη Γραμματεία ΗΜΜΥ
Π. Μπαλάση
