Το Οργανόγραμμα του Ιδρύματος βασίζεται στον Οργανισμό του Πολυτεχνείου Κρήτης (Π.Δ. 54/2004) που έχει δημοσιευθεί στο ΦΕΚ 46/Α/11-2-2004 [κατεβάστε το ΦΕΚ], στους μετέπειτα νόμους για την τριτοβάθμια εκπαίδευση και τις τροπολογίες τους και στις αποφάσεις των Συλλογικών Θεσμικών Οργάνων του Ιδρύματος. Το παρακάτω διάγραμμα είναι μια λειτουργική αποτύπωση της οργάνωσης των μονάδων του Ιδρύματος, όπως ισχύει σήμερα.