Οι Σχολές του Πολυτεχνείου Κρήτης οργανώνουν και λειτουργούν Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.), σύμφωνα με την κείμενη Νομοθεσία και τους κανονισμούς των επιμέρους ακαδημαϊκών τμημάτων. Τα Π.Μ.Σ. του Πολυτεχνείου Κρήτης προσφέρουν επιστημονικές γνώσεις εξειδίκευσης στην επιστήμη των Μηχανικών και στις Εφαρμοσμένες Θετικές Επιστήμες. Δοθείσης της υφιστάμενης επιστημονικής, ερευνητικής και τεχνολογικής υποδομής του, καθώς και της φύσης και των εξειδικεύσεων των Σχολών του, το Πολυτεχνείο Κρήτης λειτουργεί Π.Μ.Σ., εξειδικεύοντας στελέχη/επιστήμονες/ερευνητές, ώστε να ανταποκρίνονται στις σύγχρονες απαιτήσεις της έρευνας, της αγοράς εργασίας και της κοινωνίας.
Τα Π.Μ.Σ. του Πολυτεχνείου Κρήτης απονέμουν «Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών» και «Διδακτορικό Δίπλωμα» σε Επιστήμες Μηχανικού και σε Εφαρμοσμένες Επιστήμες, με εξειδίκευση στα αντικείμενα που καθορίζονται από τα επιμέρους ΠΜΣ, σύμφωνα με την κείμενη Νομοθεσία.